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我院的胸外科、血液科、乳腺科、放疗科被评为省级临床医学重点学科。胸外科的食管癌治疗手术、血液科的造血干细胞移植手术、乳腺科的乳腺癌规范化治疗、放疗科的精确放射治疗技术等，均居国内领先水平。头颈科在甲状腺、口腔颌面部、下咽及喉等部位肿瘤的诊治及修复方面独具优势。妇瘤科按照国际标准对宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌进行规范化治疗。中西医结合科突出中药在肿瘤综合治疗中的作用，降低药物毒副作用、提高患者生存质量。内科、放射介入科、普外科、肝胆胰外科、生物治疗科、骨软组织科等都形成了独特优势。 2009年7月，新一任领导班子上任不久，多次集体深入学习落实科学发展观，结合河南省卫生厅“五大工程”建设，对比群众的医疗需求，对比全国其他同类肿瘤专科医院，审慎提出医院5年发展规划——“581”工程。 “581工程”的总体目标是，经过5年努力，在原有4个省级医学重点学（专）科的基础上，再培育出1～3个省级医学重点学（专）科；引进1～2名院士或院士级专家，引进全国知名学科带头人3～5人，让一大批医学创新人才脱颖而出；各临床医技科室每年至少要引进开展1项新业务、新技术；新建设计床位2000张的新病房楼，购置临床急需的高精尖设备；医院文化建设达到新境界，职工凝聚力显著增强，树立医院良好形象。通过一系列行之有效的措施，使医院综合实力迈上新台阶，使患者看病难问题得到有效解决。 2009年，经省卫生厅批准，省食管癌诊疗中心、甲状腺疾病诊疗中心、乳腺癌诊疗中心、宫颈癌诊疗中心、肿瘤中西医结合诊疗中心等六大省级诊疗中心相继成立，加上原有的省放射治疗中心、省血液病治疗中心等四大诊疗中心，我院专科品牌优势更加突出。同年，经省编办批准，科研体制改革后，已与河南省肿瘤医院融为一体的河南省肿瘤研究所，正式更名为河南省肿瘤研究院，这为加强科研临床相结合提供了有力平台。2010年7月，在省肿瘤研究院内设肿瘤基础研究所、胃肠肿瘤研究所、乳腺肿瘤研究所等十大研究机构。